SERPAJ-COSTA RICA nació en 1990, cuando personas de comunidades y grupos, de distintos sectores sociales y ecuménicos, evidenciaron los conflictos generados por la violación de Derechos Humanos de las personas y los Pueblos. 

La primera reunión del SERPAJ en Costa Rica fue en 1972, en la Ceiba, Alajuela. Desde aquel momento, se empezó a construir un espacio pro SERPAJ en Costa Rica. Este espacio articuló personas con visiones distintas e independientes de las comunidades eclesiales.

Para 1990, SERPAJ Costa Rica ya se había articulado e impulsado campañas, talleres y acompañamiento a distintas causas sociales en defensa de los DDHH desde la NOVA. Posteriormente, en 1994, el SERPAJ Costa Rica fue confirmado por la Asamblea Continental del SERPAJ-AL. Desde entonces, SERPAJ-CR es parte de SERPAJ-América Latina.

En su caminar de más de 30 años, SERPAJ-CR ha emprendido acciones directas No Violentas como:

• Campañas de juguetes y juegos No Violentos. 
• Talleres impulsados desde el CENAPRONOVA.
• Campaña de Justicia y No más impunidad.
• Campañas para la desmilitarización de las conciencias, instituciones y sociedad.
• Participación en foros sociales nacionales e internacionales. 
• Lucha contra la minería, en apoyo a las personas campesinas de Bijagua.
• Apoyo a personas pescadoras. 
• Apoyo a personas afectadas por el Nemagón utilizado en bananeras como Stand Fruit Company, Chiquita Brand, Gold Company.
• Lucha contra la explotación petrolera.